广州市文物考古研究院的前身是广州市文物管理委员会办公室考古队。1995年5月成立广州市文物考古研究所，2014年1月更名为广州市文物考古研究院，2019年5月加挂海上丝绸之路（广州）文化遗产保护管理研究中心和南汉二陵博物馆牌子。核定事业编制74名，内设办公室、安全保卫部、调查勘探部、考古研究部、展陈宣教部、文物保护规划部、文物保护科技研究部、文物保管部、文物信息部、文化遗产保护研究部共10个部门。