广州市文物考古研究院的前身是广州市文物管理委员会办公室考古队。1995年5月成立广州市文物考古研究所，2014年1月更名为广州市文物考古研究院，2019年5月加挂海上丝绸之路（广州）文化遗产保护管理研究中心和南汉二陵博物馆牌子。核定事业编制74名，内设办公室、安全保卫部、调查勘探部、考古研究部、展陈宣教部、文物保护规划部、文物保护科技研究部、文物保管部、文物信息部、文化遗产保护研究部共10个部门。

本院为广州市文化广电旅游局下属公益一类事业单位。主要职能是：负责广州市辖区范围（11个区约7434平方公里）地下文物的考古调查、勘探、发掘工作，负责整理广州地区考古研究资料、保管考古科研标本；开展可移动文物修复保护和保护技术研究等工作；负责市级以上不可移动文物“四有”档案的建设管理等工作，开展不可移动文物调研、保护研究、勘察设计、专业咨询、规划编制等工作；负责全国重点文物保护单位南汉二陵（康陵）的日常保护工作；负责文物信息管理平台的建设、管理和维护工作；开展文物考古成果宣传、交流活动；承担南汉二陵博物馆展览及公众考古活动的策划、组织及宣传教育工作；承担海上丝绸之路（广州）文化遗产的基础性研究、保护与宣传工作，协助上级部门推进海上丝绸之路史迹申报世界文化遗产工作；完成上级部门交办的其它任务。

截至2023年2月28日，本院在编人员70名，其中专业技术人员61名（包括研究馆员4人、副研究馆员7人），具有考古发掘项目负责人资格者6人。

本院具有考古发掘资质、可移动文物修复资质、文物保护工程勘察设计乙级资质。